С главным хитом за поясом, Джордан перебирается в западную Калифорнию. На чердаке, получившем кличку «The Attic» (афинянин), Джордан начал работать над следующей игрой. Игрой, которая навсегда изменила бы имидж компьютерных игр. Продажа прав на Karateka в Японию, обеспечила Джордана денежными средствами еще на несколько лет вперед. Он купил себе новейшее оборудование для разработки и рисования игр и начал работу над новым проектом. Теперь у него было ощущение, что с помощью новых технологий он сможет создать восхитительный мир и показать его всему миру. Джордан был (и сейчас есть) большим поклонником кинематографа. От вдохновения от Голливудских приключенческих фильмов и любви к сказкам «Тысячи и одной ночи» на свет появился Принц Персии.

Махнер снова отхватил золото в 1989 году, когда Принц Персии вышел в релиз.

Описанная в РС Обзорах как «лучшая в любом списке классических игр на все времена», игра разошлась по миру почти 2 000 000 копий и выиграла многочисленные премии и вознаграждения такие как "Игра Десятилетия" от Generation 4/Canal+ в 1997 году. Сначала игра вышла на платформе Apple II, но вскоре появилась практически на всех известных платформах, включая DOS, Macintosh, Amiga, NES, SNES, GameBoy, Sega Genesis, Sega Mega Drive, Sega CD, Game Gear, Commodore 64, и FM Towns. Её популярность не ограничивалась одними Соединенными Штатами. В целом игра вышла в Соединенных Штатах, Канаде, Англии, Германии, Франции, Испании, Японии, Австралии, Новой Зеландии, России, Китае, Корее, и Израиле.

Популярность игре принесли многие особенности, которые на сегодняшний день считаются вполне обычными. Но в 1989 году они были просто революционными. Принц Персии был первой компьютерной игрой созданной при помощи покадровой мультипликации, что делало её невероятно реалистичной. Путешествуя вместе с «кинематографичным» Принцем, геймеры понимали, что именно сюжет движет действием, а не наоборот. Это приносило популярность даже тем играм, которые не отличались особой красотой. Также там появлялся индикатор здоровья. Геймпей вместе с прекрасным сюжетом, то волнующим, то разочаровывающим и держащим игрока в постойном возбуждении, Принц Персии стал родоначальником жанра Action/Adventure.